Le règlement intérieur de l'établissement, sous réserve des dispositions législatives et réglementaires en vigueur, précise notamment la composition du conseil d'administration et du conseil scientifique, les règles de quorum, les modalités de délibération de ces conseils et de représentation de leurs membres, les modalités de convocation, d'établissement et d'envoi de l'ordre du jour des conseils ainsi que la présidence de ceux-ci en cas d'empêchement de leurs présidents respectifs.
Il dresse en outre la liste des personnes qui peuvent assister aux séances des conseils avec voix consultative et les règles de publicité des délibérations.
Il peut prévoir que les membres des conseils participent aux séances par des moyens de visioconférence ou de communication électronique permettant l'identification de leurs membres et leur participation effective à une délibération collégiale et satisfaisant à des caractéristiques techniques garantissant la transmission continue et simultanée des débats et la confidentialité des votes lorsque le scrutin est secret. Les membres qui participent par ces moyens aux séances sont réputés présents dans le calcul du quorum et de la majorité requise.