Le secrétaire général est nommé par décret. Il rend compte au Président de la République et au Premier ministre.
Il dispose de personnels mis à disposition par le ministère des affaires étrangères et européennes, le ministère de l'économie, de l'industrie et de l'emploi, le ministère de l'intérieur, de l'outre-mer et des collectivités territoriales et, le cas échéant, par d'autres ministères. Il peut faire appel, en tant que de besoin, aux services des ministères concernés.
Il est rattaché, pour sa gestion administrative, au secrétariat général du Gouvernement.