Le conseil se réunit au moins une fois par an en assemblée générale, sur convocation de son président qui en fixe l'ordre du jour. Il se réunit également hors la présence du garde des sceaux, sur convocation et sous la présidence de son vice-président, afin notamment d'adopter les résolutions qui seront présentées au garde des sceaux.
La convocation à une assemblée générale du conseil est adressée à ses membres au moins quinze jours avant la date de cette assemblée générale. L'ordre du jour figure dans la convocation.
Le vice-président organise et coordonne les travaux réalisés à la demande du président du conseil.
Conformément à l’article 2 du décret n° 2016-747 du 6 juin 2016 relatif à des commissions administratives à caractère consultatif relevant du ministère de la justice, le Conseil national des tribunaux de commerce prévu à l'article L. 721-8 du code de commerce est renouvelé au-delà du 8 juin 2016.