Dans le cadre de la certification des comptes annuels, le ou les commissaires aux comptes mentionnés à l'article L. 102-3 sont nommés par le ministre chargé de l'économie sur proposition du conseil de surveillance.

Si le grand port maritime établit des comptes consolidés, les commissaires aux comptes, au nombre de deux au moins en application de l'article 30 de la loi n° 84-148 du 1er mars 1984 relative à la prévention et au règlement amiable des difficultés des entreprises, sont nommés par le ministre chargé de l'économie sur proposition du conseil de surveillance.

Les commissaires aux comptes des grands ports maritimes exercent leur mission dans les conditions prévues au titre II du livre VIII du code de commerce.