L'Union des caisses de France ― Congés intempéries BTP procède au règlement des dépenses figurant au budget de l'organisme suivant les ordres qu'elle reçoit à cet effet du secrétaire général. Elle transmet chaque année au comité national un état récapitulatif des opérations comptables effectuées pour le compte de l'organisme. L'organisme la met en mesure de connaître, préalablement à l'exécution des ordres, la situation des soldes comptables et bancaires.
Les opérations d'encaissement des cotisations et de règlement des dépenses de l'organisme font l'objet, dans les écritures de l'Union des caisses de France ― Congés intempéries BTP, d'une comptabilité distincte.