L'agent comptable de l'agence est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'immigration, de l'emploi et du budget.
Des comptables secondaires peuvent être désignés par le directeur général avec l'agrément du ministre chargé du budget et de l'agent comptable de l'agence.
Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées conformément aux dispositions du décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatives aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.