Pendant la durée de la convention, le contenu de la formation de la section d'apprentissage et les autres clauses de la convention peuvent être modifiées pour tenir compte notamment de l'évolution des besoins de formation professionnelle.
Ces modifications font l'objet d'un avenant conclu dans les mêmes formes que la convention, lorsqu'elles entraînent une diminution de l'effectif global minimal, un dépassement de l'effectif global maximal, un changement notable de l'aire de recrutement ou du champ d'action professionnel de la section d'apprentissage ou une transformation des conditions de participation de la région.
Dans les autres cas, ces modifications sont autorisées par le président du conseil régional, sur demande de l'établissement d'accueil.