L'exercice des fonctions de médecin du travail dans les mines est incompatible avec l'exercice du contrôle médical des risques maladie, accidents du travail et maladies professionnelles. Il est également incompatible avec l'exercice de la médecine de soins en faveur des affiliés et ayants droit au régime spécial de la sécurité sociale dans les mines.

Toutefois, lorsque les circonstances locales le justifient, un médecin du travail occupé à temps partiel peut bénéficier de dérogations aux règles précédentes qui sont accordées par l'ingénieur en chef des mines après avis du médecin inspecteur du travail dans les mines, notamment pour l'exercice d'une activité dans les centres médicaux des exploitations minières et assimilées. Le médecin du travail ne peut cependant, en aucun cas, être le médecin contrôleur d'un même salarié.