La direction de la protection de la nature comprend :

- Le service des espaces naturels constitué par :

- le bureau des espaces naturels classés ;

- le bureau des actions régionales.

- Le service de la chasse et de la faune sauvage constitué par :

- le bureau de la chasse ;

- le bureau de la faune et de la flore.

- Le service de la pêche et de l'hydrobiologie, constitué par :

- le bureau de la gestion des milieux naturels aquatiques ;

- le bureau de la législation et de la réglementation.

Sont en outre directement placées sous l'autorité du directeur :

- la mission des affaires générales et internationales ;

- la mission du paysage.