Par dérogation aux dispositions du décret du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique, et notamment ses articles 3 et 11, les opérations de liquidation et de recouvrement de la redevance sont confiées à l'Organisation européenne pour la sécurité de la navigation aérienne (Eurocontrol) instituée par la convention internationale signée à Bruxelles le 13 décembre 1960.

A défaut de versement du montant de la redevance à cette organisation dans les délais indiqués par elle, le recouvrement est poursuivi par les comptables du Trésor, dans les conditions prévues pour le recouvrement des créances de l'Etat étrangères à l'impôt et au domaine, au vu d'un ordre de recette exécutoire émis par le ministre chargé de l'aviation civile.

Les produits perçus par l'organisation sont versés au Trésor public, déduction faite des frais de recouvrement fixés par arrêté du ministre de l'économie et des finances.