La commission paritaire spéciale établit lors de sa première réunion un règlement intérieur qui précise les modalités de son fonctionnement, en particulier le nombre de ses réunions, ainsi que les conditions d'élaboration et de présentation des rapports et programme annuels que les entreprises sont tenues de lui soumettre conformément aux dispositions combinées des articles L. 437-2 et L. 743-1.

Dans les ports où l'effectif maximum autorisé des dockers professionnels excède 300, la commission paritaire spéciale doit se réunir au moins deux fois par an.