Les centres régionaux et les sections locales de l'Agence sont dirigés, sous l'autorité des directeurs régionaux et départementaux du travail et de la main-d'oeuvre par des chefs de centre et des chefs de section.

Les chefs de centre et de section assurent dans leur circonscription les missions dévolues à l'Agence.

Les directeurs régionaux du travail et de la main-d'oeuvre coordonnent en outre les actions interdépartementales des centres et sections de l'agence et proposent aux préfets de régions les programmes annuels et pluriannuels d'investissements des centres régionaux.