L'agence d'insertion est dirigée par un directeur nommé par arrêté du président du conseil général.

Le directeur est recruté sur un emploi contractuel soit par voie de détachement de la fonction publique de l'Etat ou de la fonction publique territoriale, soit directement par contrat à durée déterminée d'une durée de trois ans renouvelable par expresse reconduction, sous réserve de détenir un niveau de formation et de qualification équivalant à celui des agents de catégorie A des fonctions publiques précitées. Le directeur est régi dans son emploi par les dispositions des deuxième et quatrième alinéas de l'article 136 de la loi n° 84-53 du 26 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale. Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration. Il passe les marchés au nom de l'établissement et reçoit en son nom les dons, legs et subventions. Il dirige les services de l'agence et peut recevoir par arrêté délégation du président du conseil d'administration pour l'ensemble des actes relatifs au personnel de l'agence. Il tient la comptabilité de l'engagement des dépenses dans les conditions prévues à l'article L. 3341-1 du code général des collectivités territoriales.