Le directeur assure le fonctionnement de la section ou du groupe de sections suivant les directives et sous le contrôle du ou des conseils d'administration. Il nomme les agents de la section ou du groupe de sections avec l'accord du président en ce qui concerne les cadres et prend toute décision d'ordre individuel relative aux conditions générales d'emploi du personnel.

Chaque année, le directeur soumet au conseil les prévisions budgétaires concernant la gestion administrative et, le cas échéant, l'action sanitaire et sociale ainsi que les établissements d'action sanitaire et sociale gérés par la caisse. Il remet au conseil d'administration un rapport sur le fonctionnement administratif et financier de chaque section. Ce rapport doit être transmis au préfet de région après examen par le conseil d'administration.

Dans les limites fixées par chaque conseil d'administration et sous son contrôle, le directeur engage les dépenses, constate les créances et les dettes, émet les ordres de recettes et de dépenses et peut, avec l'accord préalable du conseil d'administration et sous leur commune responsabilité, requérir qu'il soit passé outre au refus de visa ou de paiement éventuellement opposé par l'agent comptable.