La caisse nationale contrôle soit sur pièces, soit sur place le fonctionnement administratif et financier des caisses de base et des unions de caisses. Celles-ci sont tenues de mettre à la disposition des agents chargés du contrôle tous documents administratifs et pièces comptables.

La caisse nationale peut prescrire aux caisses de base et unions de caisses toutes mesures de réorganisation administrative et de redressement financier nécessaires.