La caisse nationale exerce dans le domaine médical sa mission d'animation, de coordination et de contrôle avec le concours du médecin conseil national et du médecin conseil national adjoint.

Ces médecins, qui peuvent être assistés de praticiens conseils, participent à l'élaboration des directives concernant l'action des services régionaux de contrôle médical. Les médecins conseils régionaux leur fournissent, sur leur demande, toutes informations utiles à cette fin, notamment les statistiques de contrôle.

Ils sont invités aux séances du conseil d'administration de la caisse nationale, ainsi qu'aux réunions des diverses commissions existant au sein de la caisse. Ils ne peuvent toutefois assister aux séances du conseil d'administration, lorsque celui-ci délibère sur leur situation. Le médecin conseil national dresse chaque année un rapport sur l'activité et le fonctionnement des services de contrôle médical du régime. Ce rapport est envoyé au conseil d'administration de la caisse nationale, au haut-comité médical de la sécurité sociale et au ministre chargé de la sécurité sociale.