Le contrôle médical est exercé soit par un service propre à chaque caisse mutuelle régionale, soit par un service commun à plusieurs d'entre elles. Il peut également être exercé à la demande et pour le compte d'une ou plusieurs caisses mutuelles régionales soit par le service du contrôle médical d'une autre caisse mutuelle régionale auquel il est confié en tout ou partie conformément aux directives de la caisse nationale, soit par le service de contrôle médical d'un autre régime d'assurance maladie auquel il est confié en tout ou partie dans les conditions fixées par une convention que la caisse nationale conclut avec ce régime.

Les caisses mutuelles régionales peuvent, sous réserve de l'accord de la caisse nationale, déroger aux directives de cette caisse ou aux règles fixées par les conventions conclues par celle-ci.