L'autorisation peut être retirée à titre provisoire ou à titre définitif par la commission, notamment en cas d'abus caractérisés et répétés ou de fraude commise à l'égard des organismes d'assurance maladie ou des assurés sociaux. La décision de retrait d'autorisation fixe la date à laquelle cette décision prend effet, compte tenu de la nature de l'établissement.

En cas d'urgence, le président de la commission peut, en accord avec le directeur régional des affaires sanitaires et sociales et avec le chef du service régional de l'inspection du travail, de l'emploi et de la politique sociale agricoles et après avoir recueilli l'avis du représentant à la commission de l'organisation professionnelle dont relève l'établissement en cause, procéder, à titre provisoire, au retrait de l'autorisation. Cette décision prend effet immédiatement et jusqu'à ce que la commission se soit elle-même prononcée.