L'agence est administrée par un conseil d'administration présidé par le représentant de l'Etat à Mayotte qui comprend, en outre, en nombre égal :

1° Des représentants des services de l'Etat à Mayotte ;

2° Des représentants du conseil général et des communes de Mayotte ;

3° Des personnalités qualifiées choisies au sein d'associations, d'organismes ou d'institutions intervenant dans les domaines des activités économiques, sociales, éducatives, d'environnement et de proximité, nommées par le représentant de l'Etat à Mayotte.

L'agence est dirigée par un directeur nommé par le représentant de l'Etat à Mayotte.