Le contrôle des opérations de l'institut est assuré par un collège de censeurs composé du commissaire du Gouvernement de l'Agence française de développement et d'un représentant de la Banque de France. Les censeurs assistent aux séances du conseil de surveillance. Le collège des censeurs présente annuellement un rapport au conseil de surveillance.
Les opérations de l'institut peuvent également être vérifiées par les agents de la Banque de France sur la demande du président du conseil de surveillance ou du directeur général.