Le ministre de l'agriculture est ordonnateur principal du compte d'affectation spéciale du Fonds forestier national.

Les fonctions d'ordonnateur secondaire sont remplies par les préfets.

Le ministre de l'agriculture, le commissaire de la République de région ou le commissaire de la République de département arrêtent les programmes de travaux, selon les compétences déterminées par les règlements relatifs à la déconcentration des décisions de l'Etat en matière d'investissements publics.

La commission régionale de la forêt et des produits forestiers examine ces programmes de travaux.

Les opérations de paiement et de recouvrement sont effectuées par les comptables du Trésor.