Le code de procédure pénale fixe les règles relatives à la compétence, à l'organisation et au fonctionnement de la juridiction d'instruction, et notamment :

1° En matière militaire en temps de paix ;

2° En matière économique et financière ;

3° En matière sanitaire ;

4° En matière de terrorisme ;

5° En matière de délinquance et de criminalité organisée ;

6° En matière de pollution des eaux maritimes par rejets des navires.