Les ressources de l'établissement public de coopération scientifique proviennent notamment des contributions de toute nature apportées par les membres fondateurs ou associés, des subventions versées par l'État dans le cadre des contrats qui le lient avec les établissements membres, des ressources obtenues au titre de la participation à des programmes nationaux ou internationaux de recherche, du produit des contrats de recherche ou de valorisation de la recherche, des subventions des collectivités territoriales et du produit des dons et legs.

Le premier alinéa de l'article L. 719-9 du code de l'éducation s'applique aux établissements publics de coopération scientifique. L'agent comptable de l'un des établissements membres exerce les fonctions d'agent comptable de l'établissement public de coopération scientifique.