L'agence est soumise au régime financier et comptable défini par les décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 et n° 62-1587 du 29 décembre 1962, en tant que ce texte concerne les établissements publics à caractère administratif.

Les opérations liées au réaménagement du spectre des fréquences radioélectriques font l'objet d'une individualisation budgétaire et comptable.

L'agent comptable de l'agence est nommé par arrêté du ministre chargé du budget. Des comptables secondaires peuvent être désignés par le directeur général après avis de l'agent comptable principal et avec l'agrément du ministre chargé du budget.