Le directeur de l'institut est nommé pour une durée de cinq ans, immédiatement renouvelable une fois, par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur, sur présentation d'une liste de trois noms par le conseil d'administration. Il est choisi parmi les personnes qui ont vocation à enseigner à l'institut.

Il est assisté d'un comité de direction dont la composition et les modalités de fonctionnement sont fixées par le règlement intérieur de l'institut.

Il peut déléguer sa signature au secrétaire général. Le secrétaire général est nommé par le ministre chargé de l'enseignement supérieur.