La voie aérienne est autorisée lorsque le temps de trajet par la voie ferroviaire est supérieur à 4 heures. Toutefois, pour des trajets inférieurs à 4 heures, le recours à la voie aérienne peut être autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement, lorsque les conditions de la mission ou les conditions tarifaires peuvent le justifier. Les surcoûts éventuels qui en résultent sont imputés sur le budget du service qui donne l'autorisation.

Le recours à la 1re classe pour la voie ferroviaire peut être autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement, lorsque les conditions de la mission ou les conditions tarifaires peuvent le justifier. Les surcoûts éventuels qui en résultent sont imputés sur le budget du service qui donne l'autorisation.

Dans les cas où elle est autorisée par l'autorité qui ordonne le déplacement, l'utilisation par l'agent de son véhicule personnel pour sa propre convenance donne lieu à une indemnisation sur la base du tarif transport public de voyageurs le moins onéreux.

Les titulaires d'une carte de réduction sont tenus d'en faire état lors de la préparation de la mission. Lorsqu'un agent bénéficie, à sa demande, de conditions de transport différentes de celles retenues par l'administration, le complément éventuel est à sa charge.

Hors les cas d'imprévisibilité de la mission, il est possible de ne pas recourir au voyagiste dans les cas suivants :
- lorsque l'agence du prestataire est trop éloignée du lieu de la commande (possibilité d'achat direct au guichet SNCF) ;
- lorsque les transporteurs offrent des conditions tarifaires plus avantageuses et non accessibles au prestataire (achat via internet par exemple).
En pareils cas, hormis le recours à la convention SNCF, l'agent fait l'avance des frais et est remboursé sur présentation du justificatif de transport.

Par dérogation à l'article 7 du décret du 3 juillet 2006 susvisé, l'indemnité de nuitée est fixée au taux plafond de 48.A Paris, dans les départements des Hauts-de-Seine, du Val-de-Marne, de la Seine-Saint-Denis, de la région Corse et d'une manière générale lorsque l'offre hôtelière du lieu de destination est saturée pour des raisons conjoncturelles ou permanentes, le taux plafond est porté à 60.
Lorsque l'agent fait l'avance des frais, le remboursement est effectué aux frais réels sur présentation du justificatif d'hébergement et dans la limite des taux plafonds. Pour prétendre à ce remboursement, l'agent doit se trouver en mission pendant la totalité de la période comprise entre 0 heure et 5 heures.
Aucune indemnité n'est due si l'agent est hébergé gratuitement. Lorsqu'il est hébergé dans une structure administrative moyennant participation, les taux plafonds sont réduits de 50 %.

L'agent perçoit l'indemnité forfaitaire pour frais supplémentaire de repas, fixée à 15,25 , s'il se trouve en mission pendant la totalité de la période comprise entre 12 heures et 14 heures pour le repas de midi et entre 19 heures et 21 heures pour le repas du soir et si les repas ne lui sont pas fournis gratuitement.
L'indemnité est réduite de 50 % lorsque l'agent a eu la possibilité de prendre un repas dans une structure administrative. Elle n'est pas due à l'agent en fonction à l'administration centrale qui se déplace dans un autre site d'administration centrale du ministère de l'intérieur où il a accès à un restaurant administratif.

Pour les déplacements de nuit par train ou par bateau et lorsque la prestation n'est pas incluse dans le prix du billet, les frais de petit déjeuner peuvent être remboursés forfaitairement à hauteur de 5 , sur présentation des justificatifs (titre de transport et facture).

Pour le décompte des indemnités, les horaires de début et de fin de mission correspondent aux horaires inscrits sur les titres de transport. Pour tenir compte du délai nécessaire pour rejoindre le lieu de transport (gare) et pour en revenir, un délai forfaitaire d'une demi-heure est pris en compte dans la durée de la mission avant l'heure de départ et après l'heure de retour. Ce délai est porté à 1 h 30 en cas d'utilisation de l'avion ou du bateau.

Hors les cas d'imprévisibilité de la mission, il est possible de ne pas recourir au voyagiste dans les cas suivants :
- lorsque le prestataire ne propose pas d'hébergement ou lorsque les propositions sont inadaptées aux conditions de la mission ou trop éloignées du lieu de la mission ;
- lorsque l'hébergement est assuré par un organisme autre que le ministère de l'intérieur (administration publique ou organisme privé).
En pareils cas, l'agent fait l'avance des frais et est remboursé aux frais réels dans la limite des plafonds de l'article 7 et sur présentation du justificatif d'hébergement.

Les frais divers (taxi, péages, parkings dans la limite de 72 heures) exposés dans le cadre de la mission peuvent être remboursés sous réserve de l'autorisation préalable de l'autorité qui ordonne le déplacement et sur production des justificatifs de la dépense.
Lorsque les tickets de transport en commun ne sont pas fournis par l'administration à l'occasion de la mission ou du stage, ils peuvent donner lieu à remboursement sur présentation du justificatif.
Lorsque l'agent utilise son véhicule personnel dans les conditions de l'article 4, il ne peut prétendre à aucun remboursement de frais divers.

Les normes applicables aux transports sont les suivantes :
a) Le recours à la 1re classe pour la voie ferroviaire peut être autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement, lorsque les conditions de la mission ou les conditions tarifaires peuvent le justifier. Les surcoûts qui en résultent sont imputés sur le budget du service qui donne l'autorisation.
b) Pour la voie aérienne, le surclassement peut être autorisé, par l'autorité qui ordonne le déplacement, lorsque la durée du voyage est supérieure à sept heures et que la durée de la mission est inférieure à sept jours. La durée de la mission n'est pas prise en compte pour les déplacements vers et entre les collectivités territoriales d'outre-mer.

Une indemnité forfaitaire de 5 pour frais supplémentaires de petit déjeuner peut être versée sur présentation de justificatif (titre de transport et facture) pour les déplacements de nuit par train ou par bateau et lorsque la prestation n'est pas incluse dans le prix du billet.

Lorsqu'un agent bénéficie à sa demande de conditions de transport différentes de celles retenues par l'administration, le complément éventuel est à sa charge.

Les dérogations prévues à l'article 6 sont également applicables aux déplacements à l'étranger et outre-mer. En pareils cas, l'agent fait l'avance des frais et est remboursé sur présentation du justificatif de transport.

Tout déplacement à l'étranger et outre-mer ouvre droit à une indemnité journalière destinée à couvrir les frais d'hébergement, de deux repas et les frais divers exposés par l'agent à l'intérieur de la localité où se déroule la mission (transports en commun, taxi, parking, téléphone...).

Par dérogation à l'article 2 de l'arrêté du 3 juillet 2006 susvisé fixant les taux des indemnités de mission, l'indemnité journalière est allouée dans les conditions suivantes :
-65 % au titre de la nuitée si l'agent est en mission entre 0 heure et 5 heures et sur présentation du justificatif d'hébergement ;
-12, 5 % pour le repas de midi si l'agent est en mission entre 12 heures et 15 heures ;
-12, 5 % pour le repas du soir si l'agent est en mission entre 19 heures et 21 heures ;
-10 % pour les frais divers.

Lorsqu'un agent est logé et nourri gratuitement, les frais divers définis à l'article 17 peuvent lui être remboursés, dans la limite de 10 % de l'indemnité journalière, sur autorisation préalable de l'autorité qui autorise le déplacement et présentation des justificatifs.

Pour le calcul des indemnités, la mission commence à l'heure d'arrivée dans la localité, le port ou l'aéroport de destination et se termine à l'heure de départ de ce même lieu pour le retour.

Des avances peuvent être accordées aux agents qui en font la demande à hauteur de 100 % des indemnités journalières présumées dues.

Il est possible de rembourser une indemnité de nuitée en dehors de la plage horaire prévue (0 heure-5 heures) de manière exceptionnelle quand la mission le justifie et notamment pour les missions de reconduite à la frontière. Ce remboursement ne sera effectué que sur autorisation écrite de l'autorité qui ordonne le déplacement, accompagné de la facture d'hébergement.

Il est possible de rembourser des frais d'hébergement au-delà de la part de 65 % sur présentation du justificatif d'hébergement, lorsque les conditions d'hébergement sont imposées à l'administration ou à l'agent.

Les frais suivants sont considérés comme des frais supplémentaires et peuvent donner lieu à remboursement sur présentation des justificatifs de dépense : frais de délivrance de passeport ou visa, frais de vaccination et de traitement obligatoires ou recommandés par l'Institut Pasteur, taxes d'aéroport et autres taxes, frais ou impôts touchant le voyageur, frais de transport en commun engagés par l'agent au départ et au retour de sa mission entre sa résidence et l'aéroport, le port ou la gare ou entre le lieu de la mission et l'aéroport, le port ou la gare (et inversement). En cas d'absence de transport en commun, les frais de taxi ou de parking dans la limite de soixante-douze heures peuvent être remboursés sur présentation des justificatifs et autorisation de l'autorité administrative.

Le taux de l'indemnité allouée à l'occasion d'une tournée dans les départements d'outre-mer est réparti de la manière suivante : 15, 25 euros par repas, le reste pour l'hébergement.

Le taux de l'indemnité allouée à l'occasion d'une tournée dans les collectivités d'outre-mer est égal à celui de l'indemnité de mission correspondante.

Le taux de l'indemnité allouée à l'occasion d'un intérim outre-mer est égal à celui de l'indemnité de mission quand le poste se situe hors du département ou de la collectivité outre-mer et à celui de l'indemnité de tournée dans le cas contraire.

Pour les missions inférieures à une journée dans les villes de Bruxelles et Luxembourg (missions CEE), l'indemnité journalière, prévue par la réglementation, est réduite de 50 % lorsque l'agent est défrayé d'un de ses repas.

Toute escale de plus de 7 heures dans un pays ouvre droit à une indemnité de repas ou de nuitée en fonction des plages horaires définies à l'article 18.

Lorsqu'un agent en poste à l'étranger effectue un déplacement dans le pays de sa résidence administrative, son indemnité journalière est réduite de 10 %.

Lorsque la durée du trajet d'un déplacement en train, bateau ou avion, effectué par un agent en poste à l'étranger dans le pays de sa résidence administrative ou de sa zone de compétence, coïncide avec la tranche horaire d'un repas et que le prix du billet ne comprend pas la prestation, le remboursement des frais de repas peut être effectué sur présentation du justificatif de dépense. Cette disposition s'applique également pour tout déplacement en véhicule de plus de sept heures après accord préalable de l'autorité qui autorise le déplacement.

Lorsque l'agent bénéficie d'une prestation gratuite, qu'il s'agisse d'hébergement ou de repas, il ne peut prétendre à l'indemnité correspondante.

Les indemnités journalières pour l'étranger sont versées forfaitairement à l'agent dans les conditions fixées à l'article 18 supra.
Pour les missions outre-mer, lorsque l'agent fait l'avance des frais, le remboursement est effectué dans la limite des plafonds définis à l'article 1er de l'arrêté du 3 juillet 2006 fixant les taux des indemnités de mission, sur présentation du justificatif d'hébergement et dans les conditions fixées à l'article 18.
Pour les missions se déroulant du lundi au vendredi d'une même semaine, les indemnités ne sont dues que pour les jours ouvrables sauf décision contraire de l'autorité qui autorise le déplacement, notamment lorsqu'un tarif aérien plus avantageux crée une économie par rapport au surcoût occasionné par les indemnités journalières supplémentaires.

Le temps passé à bord des bateaux ou avions n'ouvre droit à aucune indemnité de repas sauf si le prix du billet ne comprend pas la prestation. Le remboursement est effectué sur présentation du justificatif de dépense.

Les dérogations prévues à l'article 11 sont également applicables aux déplacements à l'étranger et outre-mer. En pareils cas, l'agent fait l'avance des frais et est remboursé dans les conditions de l'article 18.