Les charges de personnel sanitaire, les charges médicales, pharmaceutiques et charges hôtelières et générales des unités hospitalières spécialement aménagées sont financées par des aides en fonctionnement en crédits relevant de la dotation relative aux activités spécifiques mentionnée à l'article L. 162-22-5 du code de la sécurité sociale. Les UHSA sont en ce sens identifiées dans la liste des établissements concernés par cette dotation, arrêtée par les ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale, conformément aux dispositions de l'article R. 162-31-4 du code de la sécurité sociale. Les charges de personnel pénitentiaire des UHSA sont financées par le ministère de la justice sur le programme n° 107.
Les règles de répartition des charges de fonctionnement relatives aux locaux et biens de la partie pénitentiaire de l'UHSA (hors charges de personnel) sont précisées dans un tableau annexé au présent arrêté (annexe 3).