Le gestionnaire supporte l'ensemble des charges relatives à la gestion du service public délégué. Il peut bénéficier, à sa demande, de subventions du ministère en charge de l'agriculture destinées à prendre en charge tout ou partie des frais liés aux investissements matériels ou immatériels ou à des dépenses exceptionnelles auxquels il doit procéder pour l'exercice de ses missions.
L'utilisation par un opérateur du système de notification des mouvements peut donner lieu à la perception d'un montant fixé par le ministère en charge de l'agriculture (direction générale de l'alimentation) sur proposition du gestionnaire.
Toute demande de requête peut donner lieu à la perception d'un montant fixé par le ministère en charge de l'agriculture (direction générale de l'alimentation) sur proposition du gestionnaire.
Les tarifs sont publiés et librement accessibles sur la page d'accueil du site web du gestionnaire prévu par le cahier des charges.