Le contrôleur peut mettre en place et communiquer à l'établissement un programme annuel de contrôles a posteriori qui peuvent être effectués sous forme d'audits. Les conclusions et recommandations éventuelles du contrôleur sont transmises au directeur et, le cas échéant, au ministre chargé du budget. Le directeur indique les mesures qu'il entend mettre en œuvre pour pallier les risques ou défaillances identifiés. Le contrôleur peut à tout moment procéder au contrôle a posteriori d'un acte particulier.