La commission consultative élabore son règlement intérieur. Ce règlement intérieur est soumis à l'approbation du ministre de l'Europe et des affaires étrangères.
Le secrétariat est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission. Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance par le secrétaire en concertation avec le secrétaire adjoint. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint, et transmis, dans le délai d'un mois, aux membres de la commission. Ce procès-verbal est soumis à l'approbation des membres de la commission lors de la séance suivante.