L'arrêt temporaire ne donne lieu qu'à un seul paiement versé après dépôt par le demandeur d'une demande de paiement et de son traitement par le service instructeur.
Dans le cas où un contrôle en mer aurait identifié un navire en activité de pêche alors même que celui-ci était inscrit comme en arrêt à la date du contrôle mené, les services de contrôle en informent le service instructeur. Le résultat du contrôle est alors versé au dossier du demandeur et rend sa demande de paiement automatiquement inéligible, indépendamment des autres poursuites possibles.
Dans le cas où les demandes de subvention excéderaient l'enveloppe budgétaire, les demandes seront traitées prioritairement en fonction de leur date de dépôt auprès du service instructeur.