Les élections aux différents conseils ont lieu au scrutin de liste à un tour, sans panachage ni vote préférentiel, à la représentation proportionnelle avec répartition des sièges restant à pourvoir selon la règle de la plus forte moyenne. L'élection des membres au conseil des enseignants a lieu au scrutin plurinominal majoritaire à deux tours. Lorsqu'un seul siège est à pourvoir, l'élection a lieu au scrutin uninominal majoritaire à deux tours.

Pour toutes les élections, les fonctionnaires stagiaires en formation dans l'établissement sont assimilés aux étudiants.

Chaque représentant élu dispose d'un suppléant. Le vote peut avoir lieu par correspondance ou par procuration.

Un arrêté du ministre chargé de l'agriculture précise les conditions d'exercice du droit de suffrage, les conditions d'éligibilité et les modalités de déroulement et de régularité des scrutins. Les élections peuvent avoir lieu par vote électronique, dans les conditions fixées par les articles R. 211-508 à R. 211-584 du code général de la fonction publique.