L'établissement est administré par un conseil d'administration. Il comporte un conseil scientifique, un conseil des enseignants et un conseil de l'enseignement et de la vie étudiante.

Il comprend l'Ecole nationale vétérinaire de Nantes, l'Ecole nationale d'ingénieurs en agroalimentaire de Nantes, des départements, des unités de recherche, des services et, le cas échéant, des services communs, des instituts et des écoles, créés par délibération du conseil d'administration.

Il est dirigé par un directeur général assisté d'un ou plusieurs directeurs généraux adjoints et d'un secrétaire général.