La commission peut également être convoquée par collège en formation restreinte, notamment dans les cas suivants :

- pour débattre de questions n'intéressant pas les autres collèges ;
- en matière disciplinaire ;
- lorsqu'elle est saisie par un agent d'une requête relative à son évaluation.

Lorsque la commission siège en formation restreinte, les représentants du personnel (titulaires ou suppléants) élus au titre du collège ainsi qu'un nombre égal de représentants de l'administration sont appelés à délibérer. Pour délibérer valablement, au moins la moitié des membres des collèges 1 ou 2 doivent être présents lors de l'ouverture de la réunion.
Lorsque le quorum n'est pas atteint, en formation plénière ou restreinte, une nouvelle convocation est envoyée dans le délai de huit jours aux membres de la commission qui siège alors valablement si la moitié de ses membres titulaires est présente.