L'agrément est accordé pour le territoire suivant :

- en région Provence-Alpes-Côte d'Azur : départements des Alpes-Maritimes, des Bouches-du-Rhône, du Var, du Vaucluse ;
- en région Occitanie : départements de l'Aude, du Gard, de l'Hérault, de la Lozère, des Pyrénées-Orientales.

Le conservatoire botanique méditerranéen assure également la coordination biogéographique des actions mises en œuvre par les conservatoires botaniques nationaux pour la région biogéographique méditerranéenne continentale au sens de la directive 92/43/CEE du Conseil du 21 mai 1992 concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages.