L'absence de transposition de l'une des exigences du référentiel de certification dans les documents d'organisation de l'entreprise, ou la non-satisfaction à l'une des exigences du référentiel de certification ou des documents d'organisation mis en place pour s'assurer du respect du référentiel de certification est considérée comme une non-conformité.
Le classement des non-conformités (majeure, mineure) est fixé dans un guide disponible sur le site du ministère en charge de l'environnement.