Lorsqu'une ou plusieurs non-conformités majeures, nécessitant d'être signalées, sont relevées au cours d'un audit de chantier ou en cas de plaintes d'un tiers, l'organisme de certification en informe dans les plus brefs délais la direction de l'eau et de la biodiversité selon les modalités fixées dans un guide disponible sur le site du ministère chargé de l'environnement.