La co-présidence du collège est exercée conjointement par :

- le délégué interministériel à l'encadrement supérieur de l'Etat ou son représentant ;
- successivement chaque représentant d'un des corps concernés pour un mandat d'un an.

Les coprésidents peuvent proposer conjointement au collège la constitution de groupes de travail sur tout sujet relevant de sa compétence.