L'organisation des enseignements est définie par les instances de l'université après avis de la composante assurant la formation.
Les enseignements sont organisés par thématiques scientifiques et cliniques, organisées en modules et sous-modules sous forme d'unités d'enseignement articulées entre elles en cohérence avec les objectifs de la formation et les compétences à développer en vue de l'exercice de la profession d'orthophoniste. Ce parcours commun est complété au deuxième cycle par des unités d'enseignement choisies par l'étudiant, notamment l'approfondissement des connaissances et compétences dans un champ clinique ou scientifique, et par la possibilité pour les étudiants de réaliser un parcours recherche dans la perspective d'une poursuite d'études en troisième cycle.
La mutualisation des enseignements entre les filières peut être mise en place à la condition de respecter les objectifs pédagogiques de la formation d'orthophoniste.
La formation fait appel aux technologies de l'information et de la communication appliquées à l'enseignement et aux différentes approches de simulation ; elle est dispensée sur site ou en partie à distance.