Le drapeau du ministère de la justice, administration pénitentiaire, est arboré en public lors des cérémonies présidées par le ministre de la justice, ou par le directeur de l'administration pénitentiaire, sur décision du ministre de la justice. Pour les cérémonies se déroulant dans le cadre du ministère, cette décision relève du directeur de l'administration pénitentiaire, et la garde d'honneur est composée de surveillants du service de sécurité de la direction générale de l'administration pénitentiaire.
Conformément à l’article 8 du décret n°2026-30 du 28 janvier 2026, ces dispositions, dans leur rédaction résultant du décret précité, entrent en vigueur le 1er février 2026.