Chaque institut est dirigé par un directeur nommé par arrêté du ministre chargé de la fonction publique, sur proposition du directeur du Groupe, pour une durée de trois ans, renouvelable une fois.
Les directeurs des instituts assurent dans leur ressort territorial, conformément aux orientations du directeur du Groupe et aux délibérations du conseil d'administration, les missions fixées à l'article 2.