Un comité, présidé par le directeur général de l'aménagement, du logement et de la nature (DGALN) et regroupant le le commissaire général au développement durable (CGDD), le directeur général des patrimoines et de l'architecture, le directeur de la recherche et le directeur de la technologie, organise la programmation financière des actions du plan, définit les conditions de coopération scientifique et financière avec les institutions et programmes ayant des champs de préoccupations similaires. Il décide de l'organisation de l'évaluation des actions et des programmes conduits. D'autres directeurs peuvent, en tant que de besoin, être associés aux travaux de ce comité.