Le directeur général est assisté d'un directeur des formations et de la recherche et d'un directeur général des services.

Le directeur des formations et de la recherche est une personnalité reconnue pour ses compétences en matière de formation et de recherche, ou dans le domaine maritime. Il est nommé par le directeur général après avis du conseil d'administration.

Le directeur général des services est nommé par le ministre chargé de la mer sur proposition du directeur général de l'établissement.