Le président de la commission consultative des recherches archéologiques à l'étranger est assisté d'un secrétaire général choisi parmi les membres de la commission.

Le secrétaire général est nommé par le ministre des affaires étrangères pour une durée de quatre ans renouvelable une fois à partir d'une liste de trois noms présentée par la commission.

Le secrétaire général remplit un rôle permanent de conseil et de liaison auprès de la direction générale de la mondialisation, de la culture, de l'enseignement et du développement international du ministère des affaires étrangères.