La demande d'autorisation de travaux ou la déclaration d'ouverture de travaux est déposée auprès du préfet et instruite, selon les cas, selon la procédure fixée au titre VIII du livre I^er du code de l'environnement ou aux articles 18 à 20 du décret n° 2006-649 du 2 juin 2006 relatif aux travaux miniers, aux travaux de stockage souterrain et à la police des mines et des stockages souterrains.
Toutefois, lorsque la demande précise que les prospections préalables n'excèdent pas trois mois, le préfet consulte uniquement le préfet maritime et l'Institut français de recherches pour l'exploitation de la mer (IFREMER).