Le commissariat au numérique de défense comprend :
1° Une direction centrale composée :

a) D'un service « gouvernance et stratégie » ;
b) D'un service « fabrique numérique » ;
c) D'un service « commandement numérique interarmées » ;
d) D'un service « logistique - acquisitions » ;
e) D'un service « ressources humaines, métiers et compétences » ;
f) D'une sous-direction « sécurité numérique » ;
g) D'une sous-direction « données » ;

2° Un officier général chargé des fréquences, qui représente le ministère au conseil d'administration de l'agence nationale des fréquences et ses intérêts aux niveaux international, européen et national. Il établit les autorisations prévues par l'article R. 26 du code des postes et des communications électroniques, à l'exception des centres radioélectriques opérant des systèmes de communication, de navigation et de surveillance aéronautiques pour lesquels il émet un avis à destination du directeur de la circulation aérienne militaire ;
3° Des organismes extérieurs qui relèvent des services mentionnés au 1°.
Le fonctionnement de la direction centrale, les attributions, l'organisation et le fonctionnement des organismes extérieurs sont fixés par instruction.