Le président de la commission est désigné par arrêté du Premier ministre, parmi les membres de la commission mentionnés aux paragraphes a et b de l'article 4, pour une durée de quatre ans renouvelable une fois.
Deux vice-présidents sont élus par l'assemblée plénière, l'un parmi les membres titulaires de la commission mentionnés au paragraphe a de l'article 4 et l'autre parmi les membres titulaires mentionnés au paragraphe b du même article. Leur mandat est de quatre ans renouvelable une fois.
Conformément au troisième alinéa de l’article 9 du décret n° 2025-722 du 29 juillet 2025, les dispositions du présent article, dans leur rédaction issue de l'article 7 du décret précité fixant une durée de mandat de quatre ans sont applicables aux mandats en cours concernés à compter de la date d'entrée en vigueur du décret précité.