Des commissions permanentes sont chargées de préparer les délibérations du collège.
Les commissions permanentes comprennent trois commissions thématiques :

- la commission des normes comptables publiques ;
- la commission des normes internationales ;
- la commission durabilité.

Lorsqu'un sujet particulier nécessitant des travaux spécifiques est inscrit au programme de travail, le président du Conseil de normalisation des comptes publics propose, après avis du collège, la constitution d'une commission permanente chargée d'instruire ce sujet dès lors que celui-ci nécessite un temps d'instruction excédant l'année. Les projets d'avis préalables, d'avis relatifs aux normes comptables, de propositions relatives à l'information en matière de durabilité, de réponses aux consultations internationales et de prises de position soumis au collège sont examinés au préalable par les commissions. Les travaux des commissions sont rapportés devant le collège par leurs présidents.