Le régime indemnitaire des magistrats de chambre régionale des comptes est régi par le décret du 20 mai 2014 susvisé.
Les emplois des magistrats de chambre régionale des comptes sont répartis en quatre groupes et quatre niveaux en fonction du niveau de responsabilité, du champ d'action, du degré d'expertise exigé et de la technicité de l'emploi.
La liste des emplois relevant de chacun de ces groupes et niveaux est fixée sur proposition du Premier président de la Cour des comptes par arrêté du Premier ministre et des ministres chargés de la fonction publique et du budget. Les montants maximaux et minimaux afférents à chaque groupe et niveau sont fixés par arrêté du Premier ministre et des ministres chargés de la fonction publique et du budget.
Dans les limites fixées par les arrêtés prévus à l'alinéa précédent, les montants individuels de l'indemnité de fonctions, de sujétions et d'expertise et les montants individuels du complément indemnitaire annuel sont arrêtés par le premier président de la Cour des comptes.