Par dérogation aux dispositions du second alinéa de l'article 5, lorsque le fonctionnaire n'a pas été en mesure de prendre son congé annuel avant la fin de la relation de travail, les droits non-utilisés donnent lieu à une indemnité compensatrice.
A l'exclusion des droits non-consommés du fait d'un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, cette indemnité ne compense que les droits non-utilisés relevant des quatre premières semaines de congé annuel par période de référence.
Les modalités de calcul sont précisées par arrêté du ministre chargé de la fonction publique, du ministre chargé des collectivités territoriales et du ministre chargé du budget.
Conformément à l'article 11 du décret n° 2025-564 du 21 juin 2025, pour le report de congé annuel du fait d'un congé lié aux responsabilités familiales ou parentales, les dispositions du présent décret sont applicables aux situations individuelles pour lesquelles un droit au report peut être constaté du fait d'un congé dont l'échéance est postérieure à la date d'entrée en vigueur de la loi n° 2024-364 du 22 avril 2024 portant diverses dispositions d'adaptation au droit de l'Union européenne en matière d'économie, de finances, de transition écologique, de droit pénal, de droit social et en matière agricole.